Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi’nin Osmanlı-Türk idaresi altında çok geniş imtiyazlarla yaşamasına izin verilmesine rağmen özellikle 1821 Mora İsyanı ve Kurtuluş Savaşı yıllarında “Yunanlılık” iddia ve gayretleri ile hareket etmesi nedeniyle Türkiye’de yaşayan ve Kurtuluş Savaşı yıllarında Türkiye’deki yaygın teşkilatı ile Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi Yunan propagandasının yayılışına en büyük desteği veren kuruluş olmuştur.
Patrikhane’nin Türkiye aleyhtarı çalışmaları, özellikle İstanbul ve Trabzon’da başarılı olmuştur. Anadolu’nun diğer bölgelerinde yaşayan insanlar her şeye rağmen bu gibi tahriklere kapılmamışlardır. Bunun en önemli sebeplerinden biri, Anadolu Ortodokslarının, Fener Patrikhanesi ve Yunan hükümet adamlarının tahriklerinden nispeten uzak kalmaları ve başlarında “Papa EFTİM”in bulunmasıdır. Papa EFTİM H.1300 (1884-1885) yıllarında Ankara iline bağlı Yozgat Sancağı Akdağmadeni kasabasında doğmuş olup, asıl adı Pavli KARAHİSARLIOĞLU’’dur. Babası ticaretle uğraşmış, kendisi bir süre kilise okuluna gitmiş ve Rüşdiye’ye devam etmiş, daha sonra manifaturacılığa başlamıştır. 1912 yılında Ortodoks Hristiyanlıkta ilk din adamlığı kademesi olan “Diyagos” olarak dini görevine başlamış, 1915’te papaz ve 1918’de de Keskin Metropoliti olmuştur.
Papa EFTİM’de “Türk olabilmek için insanın kendisini Türk hissetmesi yeter” felsefesi egemen olmuştur. Rum Ortodoksları, Kurtuluş Savaşı yıllarında Anadolu’nun işgalini kolaylaştırmak için maddi destek yanında bilhassa Avrupa kamuoyunu etkilemek için başta Paris olmak üzere diğer bazı şehirleri dolaşarak Türklerin Hristiyanlara yönelik katliamlar yaptığını anlatmışlardır. Rumların bu faaliyetleri karşısında Papa EFTİM’in liderliğindeki Türk Ortodoksları da toplantılar düzenleyerek, telgraflar çekerek, gazetelere yazı göndererek Kurtuluş Savaşı’nı çekinmeden müdafaa etmişlerdir. Türk Ortodokslarının Kurtuluş Savaşı’nı desteklemeleri Mustafa Kemal ATATÜRK tarafından da açık ifade edilmiş ve Milli Mücadele’den sonra Papa EFTİM için şunları söylemiştir: “Milli Mücadele’de bize bir ordu kadar yardım etti”. Fener Patrikhanesi’nin Papa EFTİM’in aksine Yunan emelleri doğrultusunda hareket etmesi sebebiyle, Papa EFTİM Patrikhane ile uzun süre mücadele etmiş, ancak Patrikhane’nin Türkiye aleyhtarı tutumunda başarılı olamayacağını anlayınca, İstanbul’da Türk Ortodoks Kilisesi’ni kurmuştur (1923). Daha sonra 6 Haziran 1924’te “Müstakil Türk Ortodoks Patrikhanesi” adıyla Galata’da bulunan Panayia Kilisesi’nde faaliyete geçmiş ve halen faaliyetlerini burada sürdürmektedir. Lozan Anlaşması sonrasında uygulanan mübadele ile Anadolu’da, özellikle Karaman ve Yozgat/Akdağmadeni’nde yaşayan çok sayıda Türk Hristiyan’ı da Yunanistan’a gönderilmiştir. Bu insanların Anadolu’nun otantik cemaatlerinden biri oldukları dikkate alınmamış, Ortodoks olmaları, Yunanistan’a göndermeleri için yeterli sebep sayılmış, bunun sonucunda “Müstakil Türk Ortodoks Kilisesi”nin cemaati çok azalmıştır. Papa EFTİM 14 Mart 1968’de vefat etmiştir. Büyük oğlu ve 24 yıllık Diyagos olan Dr. Turgut ERENEROL “II.Papa EFTİM” olarak yerine geçmiştir. Turgut ERENEROL’un 1991’de vefatından sonra yerine kardeşinin oğlu olan Selçuk ERENEROL geçmiştir. Selçuk ERENEROL, Aralık 2002’de vefat etmiştir. Türk Ortodokslarının günümüzdeki Patriği Paşa Ümit ERENEROL’dur. Patrikhane’nin basın danışmanı olan Sevgi ERENEROL ise Selçuk ERENEROL’un kızıdır. Türk Ortodoks Patrikhanesi; Anadolu’daki Rumların Yunanlılıkla ilgilerinin olmadığı görüşünü benimseyen, Atatürk ilke ve inkılaplarına samimi olarak bağlı olduklarını değişik zamanlarda ve olaylar karşısında dile getirmekten çekinmeyen bir felsefeye sahip olarak bilinmektedir.
